Natural de Coimbra, João Santos está no Sporting CP desde 2017. Vindo do SC Espinho, onde esteve três temporadas, fez parte da equipa técnica campeã nacional em 2018, ao serviço do Sporting CP, após já ter vencido uma taça de Portugal com o Espinho.
Desempenha também desde 2019 funções na equipa técnica da selecção nacional portuguesa.